Metode pemotongan Penghancur Kertas sangat penting untuk keamanan dan perlindungan privasi pemrosesan dokumen. Metode pemotongan yang berbeda secara langsung mempengaruhi keamanan dan privasi dokumen setelah pemrosesan. Pemotongan strip memotong dokumen menjadi strip yang lebih panjang, biasanya lebarnya antara 6 dan 10 mm. Pemotong strip mudah dioperasikan dan memiliki kecepatan pemrosesan yang cepat, sehingga cocok untuk memproses dokumen non-rahasia di lingkungan kantor pada umumnya. Namun, keamanannya relatif rendah karena strip dapat dipasang kembali dengan relatif mudah untuk mengembalikan konten aslinya. Hal ini membuat pemotongan strip cocok untuk memproses dokumen yang tidak memerlukan keamanan tinggi, seperti surat iklan atau dokumen kantor umum.
Sebaliknya, lintas sektor memberikan keamanan yang lebih tinggi. Metode ini memotong dokumen menjadi potongan-potongan pendek atau pecahan berbentuk berlian, sehingga sangat sulit untuk menyusun kembali dokumen tersebut. Mesin potong silang secara efektif meningkatkan keamanan dokumen setelah diproses dengan dokumen lintas sektoral. Metode pemotongan ini cocok untuk memproses dokumen yang lebih sensitif, seperti salinan dokumen identifikasi pribadi atau laporan keuangan. Cross cutting tidak hanya memberikan perlindungan keamanan yang lebih tinggi, namun juga dapat meningkatkan efisiensi pemrosesan sampai batas tertentu, menjadikannya pilihan umum untuk kantor rumahan dan kantor usaha kecil.
Untuk pemrosesan dokumen yang memerlukan tingkat perlindungan keamanan tertinggi, pemotongan partikel mikro adalah metode yang lebih disukai. Pemotongan partikel mikro memotong dokumen menjadi partikel yang sangat kecil, biasanya setiap kertas dipotong menjadi ratusan atau bahkan ribuan partikel kecil. Metode pemotongan ini membuat hampir tidak mungkin untuk memulihkan atau menyusun kembali dokumen, sehingga sangat cocok untuk memproses dokumen yang sangat sensitif, seperti dokumen rahasia perusahaan, dokumen hukum, atau informasi sensitif pribadi. Selain memberikan tingkat keamanan dokumen tertinggi, mesin pemotong partikel mikro biasanya memiliki kekuatan dan daya tahan pemrosesan yang tinggi, cocok untuk penggunaan jangka panjang dan frekuensi tinggi.